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焦蟲目(Piroplasmida)
微孢子蟲亞門(Microspora)
二型孢子綱(Rudimicrosporea)
異型目(Metchnikovellida)
微孢子綱(Microsporea)
小孢子目(Minisporida)
微孢子目(Microsporida)
囊孢子蟲亞門(Ascetospora)
星孢子綱(Stellatosporea)
內生孢子目(Occlusosporida)
孔蓋孢子目(Balanosporida)
無孔綱(Paramyxea)
無孔目(Paramyxida)
粘體動物亞門(Myxozoa)
粘孢子蟲綱(Myxosporea)
雙殼目(Bivalvulida)
多殼目(Multivalvulida)
放射孢子綱(Actinosporea)
放射孢子亞綱(Actinomyxia)
放射孢子目(Actinomyxida)
纖毛亞門(Ciliophora)
動基片綱(Kinetofragminophorea)
裸口亞綱(Gymnostomatia)
前口目(Prostomatida)
側口目(Pleurostomatida)
裸口亞綱中位置未定的兩個目：
原纖目(Primociliatida)
核殘跡目(Karyorelictida)
前庭亞綱(Vestibuliferia)
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