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　　一般認(rèn)為原生動(dòng)物的祖先是一些古老的“植物－動(dòng)物”性的類(lèi)群,稱(chēng)為古代的植鞭毛蟲(chóng)。從古代植鞭毛蟲(chóng)分為幾個(gè)不同的根株，每個(gè)根株上升到現(xiàn)代原生動(dòng)物的祖先。這是一種多系統(tǒng)的理論。有人認(rèn)為從古代植鞭毛蟲(chóng)演化為肉足蟲(chóng)。孢子蟲(chóng)是雙重起源的，一類(lèi)起源于肉足蟲(chóng)，一類(lèi)起源于動(dòng)鞭毛蟲(chóng)。纖毛蟲(chóng)直接起源于鞭毛蟲(chóng)，只是還說(shuō)不清楚大、小核的分化和接合生殖的演化。無(wú)論哪種觀點(diǎn)都是從現(xiàn)代的原生動(dòng)物中進(jìn)行推測(cè)，缺乏充分的根據(jù)。經(jīng)典的分類(lèi)把原生動(dòng)物門(mén)分為 4個(gè)綱──鞭毛蟲(chóng)綱、肉足蟲(chóng)綱、孢子蟲(chóng)綱和纖毛蟲(chóng)綱。隨著發(fā)現(xiàn)種類(lèi)的增加，新技術(shù)（如電子顯微鏡等）的應(yīng)用，分類(lèi)學(xué)家對(duì)原生動(dòng)物傳統(tǒng)的分類(lèi)系統(tǒng)進(jìn)行了修正。比較一致的有：

　　①鑒于許多鞭毛蟲(chóng)的生活史中有變形期，許多肉足蟲(chóng)的生活史中有鞭毛期，有的種類(lèi)本身就兼有鞭毛和偽足，所以把兩大綱合并為肉鞭動(dòng)物亞門(mén)。②傳統(tǒng)的孢子蟲(chóng)綱內(nèi)有些種類(lèi)的生活史中并不出現(xiàn)孢子，應(yīng)當(dāng)分出來(lái)。電子顯微鏡觀察發(fā)現(xiàn)某些種類(lèi)在子孢子或裂殖子時(shí)期其頂端有一個(gè)復(fù)雜的亞顯微結(jié)構(gòu)──由極環(huán)、類(lèi)椎體、表膜下微管、微孔、棒狀體、微絲組成的頂復(fù)體,因而將其獨(dú)立為頂復(fù)動(dòng)物亞門(mén),與微孢子蟲(chóng)亞門(mén)、粘體動(dòng)物亞門(mén)、囊孢子蟲(chóng)亞門(mén)并列。③傳統(tǒng)的分類(lèi)中把盤(pán)蜷蟲(chóng)類(lèi)放在肉足綱內(nèi)�，F(xiàn)已證明它的絲網(wǎng)并不是偽足，而是堅(jiān)硬的、無(wú)生命的絲，因而獨(dú)立為盤(pán)蜷動(dòng)物亞門(mén)。下列的分類(lèi)系統(tǒng)主要參照原生動(dòng)物學(xué)家協(xié)會(huì)分類(lèi)和進(jìn)化委員會(huì)主席N.D.萊文于1980年與16位分類(lèi)學(xué)家協(xié)商的一個(gè)方案。本文把該方案中7個(gè)門(mén)下降為7個(gè)亞門(mén)、亞門(mén)下降為超綱，在肉足超綱內(nèi)設(shè)有綱、亞綱和總目，原生動(dòng)物仍作為一個(gè)門(mén)：

　　原生動(dòng)物門(mén)(Protozoa)

　　肉鞭動(dòng)物亞門(mén)(Sarcomastigophora)

　　鞭毛總綱(Mastigophora)

　　植鞭毛綱(Phytomastigophorea)

　　隱滴蟲(chóng)目(Cryptomonadida)

　　腰鞭目(Dinoflagellida)

　　眼蟲(chóng)目(Euglenida)

　　金滴蟲(chóng)目(Chrysomonadida)

　　異鞭目(Heterochlorida)

　　綠滴蟲(chóng)目(Chloromonadida)

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